رهبر معظم له دارای ۶ فرزند هستند. نام خانوادگی همسر ایشان«خجسته» است. نام دخترانشان بشری و هدی، و نام فرندان پسرشان سید مصطفی،سیدمجتبی، سیدمسعود و سیدمیثم است. دو تن از فرزندان پسر ایشان ۸ سال در جبهههای جنگ ایران و عراق حضور داشتند.
مقام معظم رهبری همچون امام راحل فرزندان خود را از فعالیت های سیاسی و اقتصادی مبرا داشته و به ایشان توصیه کرده اند که در کارهای اقتصادی وارد نشوند.